Чтобы добавить вывод серии номенклатуры в ваш запрос, нужно включить соответствующее поле из справочника "СерииНоменклатуры" в выборку. Вот как можно изменить ваш запрос:

1C
ВЫБРАТЬ
  СпрНоменклатура.Ссылка КАК Номенклатура,
  ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена, 0) КАК Цена,
  ЕСТЬNULL(ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0) КАК Остаток,
  СерииНоменклатуры.Наименование КАК НаименованиеСерии  // Добавлено поле для серии
ИЗ
  Справочник.Номенклатура КАК СпрНоменклатура
    ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.ЦеныНоменклатуры.СрезПоследних(&период, ВидЦены = &ВидЦены) КАК ЦеныНоменклатурыСрезПоследних
      ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(, Склад = &Склад) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
      ПО ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Номенклатура = ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура
    ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.СерииНоменклатуры КАК СерииНоменклатуры
      ПО СпрНоменклатура.Ссылка = СерииНоменклатуры.Номенклатура
ГДЕ
  ВЫБОР
      КОГДА &ТолькоВНаличии
        ТОГДА ЕСТЬNULL(ТоварыНаСкладахОстатки.КоличествоОстаток, 0) > 0
      ИНАЧЕ ИСТИНА
    КОНЕЦ
  И ВЫБОР
      КОГДА &ТолькоСЦенами
        ТОГДА ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена, 0) > 0
      ИНАЧЕ ИСТИНА
    КОНЕЦ

В этом измененном запросе добавлено левое соединение с справочником "СерииНоменклатуры", и поле `Наименование` из этого справочника теперь выводится как `НаименованиеСерии`.