Функционально задача сводится к вычислению разности двух таблиц значений по ключу (Организация, Подразделение), при этом учитывается Количество, и в итоговой таблице должны остаться только те строки, которые есть в одной из таблиц, но отсутствуют в другой (сравнение по Организация + Подразделение).

Для решения можно использовать алгоритм с объединением таблиц и сверткой с подсчетом разницы, как в классическом способе сравнения таблиц значений.

Пример кода на 1С:

1C
Функция ПолучитьРазностьТаблиц(Таблица1, Таблица2) Экспорт
    // Ключевые колонки для сравнения
    Ключи = "Организация,Подразделение";
    ИмяКолонкиСверки = "__Сверка__";

    // Копируем Таблицу1, добавляем колонку для сверки и заполняем -1
    ТаблРезультат = Таблица1.Скопировать();
    Если Не ТаблРезультат.Колонки.Найти(ИмяКолонкиСверки) Тогда
        ТаблРезультат.Колонки.Добавить(ИмяКолонкиСверки, Новый ОписаниеТипов("Число"));
    КонецЕсли;
    ТаблРезультат.ЗаполнитьЗначения(-1, ИмяКолонкиСверки);

    // Добавляем строки из Таблица2 с +1 в колонке сверки
    Для Каждого Строка Из Таблица2 Цикл
        НоваяСтрока = ТаблРезультат.Добавить();
        ЗаполнитьЗначенияСвойств(НоваяСтрока, Строка);
        НоваяСтрока[ИмяКолонкиСверки] = 1;
    КонецЦикла;

    // Свертываем таблицу по ключам, суммируя колонку сверки и Количество
    // Для Количество нужно суммирование, для ключей группировка
    ТаблРезультат.Свернуть(Ключи, "Количество," + ИмяКолонкиСверки);

    // Оставляем только строки, где сумма сверки не равна 0 (т.е. уникальные)
    ИтоговаяТаблица = Новый ТаблицаЗначений;
    // Добавляем колонки из исходных таблиц (Организация, Подразделение, Количество)
    Для Каждого Колонка Из ТаблРезультат.Колонки Цикл
        Если Колонка.Имя  ИмяКолонкиСверки Тогда
            ИтоговаяТаблица.Колонки.Добавить(Колонка.Имя, Колонка.Тип);
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;

    Для Каждого Строка Из ТаблРезультат Цикл
        Если Строка[ИмяКолонкиСверки]  0 Тогда
            НоваяСтрока = ИтоговаяТаблица.Добавить();
            Для Каждого Колонка Из ИтоговаяТаблица.Колонки Цикл
                НоваяСтрока[Колонка.Имя] = Строка[Колонка.Имя];
            КонецЦикла;
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;

    Возврат ИтоговаяТаблица;
КонецФункции

Объяснение:

- В колонке `__Сверка__` для строк из первой таблицы ставим -1, для второй +1.
- Объединяем обе таблицы.
- Свертываем по ключам (Организация, Подразделение), суммируя Количество и колонку сверки.
- Если сумма в колонке сверки равна 0 — значит строки с таким ключом есть в обеих таблицах, их исключаем.
- В итоговую таблицу попадают только уникальные строки с разницей по ключам.

Таким образом, итоговая таблица содержит только те Организации и Подразделения, которые есть либо в первой, либо во второй таблице, но не в обеих одновременно, с суммированным количеством.

Рекомендую посмотреть здесь: https://infostart.ru/1c/articles/375490/