Для сравнения двух файлов с записью разногласий в 1С:Предприятии можно использовать встроенный механизм сравнения файлов с последующим сохранением результатов. Ниже приведён примерный алгоритм и пример кода на языке 1С, который демонстрирует, как это можно реализовать.

---

### Алгоритм сравнения двух файлов с записью разногласий

1. Указать пути к двум сравниваемым файлам.
2. Создать объект `СравнениеФайлов`.
3. Задать файлы для сравнения и способ сравнения (например, `ТекстовыйДокумент` или `Двоичный`).
4. Выполнить сравнение и получить результат.
5. Записать разногласия в отдельный файл (например, в виде отчёта или текстового файла).

---

### Пример кода на 1С

1C
Функция СравнитьФайлыСЗаписьюРазногласий(ПутьКФайлу1, ПутьКФайлу2, ПутьКФайлаРазногласий) Экспорт

    // Создаём объект сравнения файлов
    Сравнение = Новый СравнениеФайлов;
    Сравнение.ПервыйФайл = ПутьКФайлу1;
    Сравнение.ВторойФайл = ПутьКФайлу2;
    Сравнение.СпособСравнения = СпособСравненияФайлов.ТекстовыйДокумент; // или Двоичный, если нужно

    // Выполняем сравнение и показываем окно с результатом
    Сравнение.ПоказатьРазличия();

    // Получаем результат сравнения
    Результат = Сравнение.РезультатСравнения;

    Если Результат = РезультатСравненияФайлов.ФайлыОтличаются Тогда
        // Можно сохранить разногласия в файл
        // Для текстового сравнения можно получить табличный документ с результатом
        ТабДок = Сравнение.ПолучитьТабличныйДокументРазличий();

        Если ТабДок  Неопределено Тогда
            ТабДок.Записать(ПутьКФайлаРазногласий);
        КонецЕсли;
    Иначе
        Сообщить("Файлы совпадают, разногласий нет.");
    КонецЕсли;

КонецФункции

---

### Пояснения

- `СравнениеФайлов` — встроенный объект 1С для сравнения файлов.
- `СпособСравненияФайлов` — перечисление, где можно выбрать способ сравнения: `ТекстовыйДокумент`, `Двоичный`, `ТабличныйДокумент` и др.
- Метод `ПоказатьРазличия()` открывает окно с визуальным сравнением.
- Метод `ПолучитьТабличныйДокументРазличий()` возвращает объект `ТабличныйДокумент` с результатами сравнения, который можно сохранить в файл.
- Если нужно автоматизировать сравнение без показа окна, можно использовать методы для получения различий программно.

---

### Дополнительно

Если требуется сравнивать табличные данные (например, таблицы значений), можно использовать подход с построителем отчёта и сравнением табличных документов, как в примере ниже:

1C
Функция СравнитьТаблицыЗначений(Таблица1, Таблица2) Экспорт
    Построитель = Новый ПостроительОтчета;
    Построитель.ИсточникДанных = Новый ОписаниеИсточникаДанных(Таблица1);
    Построитель.ЗаполнитьНастройки();
    ТабДок1 = Новый ТабличныйДокумент;
    Построитель.Вывести(ТабДок1);
    ИмяФайла1 = ПолучитьИмяВременногоФайла();
    ТабДок1.Записать(ИмяФайла1);

    Построитель.ИсточникДанных = Новый ОписаниеИсточникаДанных(Таблица2);
    Построитель.ЗаполнитьНастройки();
    ТабДок2 = Новый ТабличныйДокумент;
    Построитель.Вывести(ТабДок2);
    ИмяФайла2 = ПолучитьИмяВременногоФайла();
    ТабДок2.Записать(ИмяФайла2);

    СравнениеФайлов = Новый СравнениеФайлов;
    СравнениеФайлов.ПервыйФайл = ИмяФайла1;
    СравнениеФайлов.ВторойФайл = ИмяФайла2;
    СравнениеФайлов.СпособСравнения = СпособСравненияФайлов.ТабличныйДокумент;
    СравнениеФайлов.ПоказатьРазличия();
КонецФункции

---

Рекомендую посмотреть здесь: https://infostart.ru/1c/articles/418002/
Также полезна статья с описанием сравнения файлов и модулей: https://infostart.ru/1c/articles/179454/

---

Если нужна помощь с конкретным сценарием или форматом записи разногласий — уточните, я помогу составить более точное решение.