Для того чтобы установить параметры в запросе с указанным отбором, вам нужно использовать конструкцию, которая будет соответствовать логике вашего условия. В данном случае, вы можете использовать следующий текст:

1C
Запрос.Текст = "
    ВЫБРАТЬ
        Номенклатура.Ссылка,
        Номенклатура.Наименование,
        Номенклатура.Артикул
    ИЗ
        Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    ГДЕ
        (Номенклатура.Артикул  '' И Номенклатура.Наименование  '') ИЛИ
        (Номенклатура.Артикул = '')";

В этом случае, вам не нужно использовать `Запрос.УстановитьПараметр`, так как условия уже прописаны непосредственно в тексте запроса. Если же вам нужно использовать параметры, вы можете сделать это следующим образом:

1C
Запрос.Текст = "
    ВЫБРАТЬ
        Номенклатура.Ссылка,
        Номенклатура.Наименование,
        Номенклатура.Артикул
    ИЗ
        Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    ГДЕ
        (Номенклатура.Артикул  &Артикул И Номенклатура.Наименование  &Наименование) ИЛИ
        (Номенклатура.Артикул = &АртикулПустой)";

Запрос.УстановитьПараметр("Артикул", "");
Запрос.УстановитьПараметр("Наименование", "");
Запрос.УстановитьПараметр("АртикулПустой", "");

Таким образом, вы сможете динамически подставлять значения в ваш запрос.