Да, в 1С можно использовать данные только из последнего запроса в цикле. Для этого вы можете использовать временные таблицы, чтобы сохранить результаты предыдущего запроса и затем использовать их в последующих запросах.

Вот пример, как это можно сделать:

1C
// Выполняем первый запрос и сохраняем результаты во временную таблицу
ВЫБРАТЬ
    ВзаиморасчетыОперативные.Сделка.Номер КАК СделкаНомер,
    ВзаиморасчетыОперативные.Сделка КАК Сделка,
    ВзаиморасчетыОперативные.Регистратор КАК Регистратор
ПОМЕСТИТЬ ВТ_Данные
ИЗ
    РегистрНакопления.ВзаиморасчетыОперативные КАК ВзаиморасчетыОперативные
    ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.уатОтклонениеГруза КАК уатОтклонениеГруза
    ПО ВзаиморасчетыОперативные.Регистратор = уатОтклонениеГруза.Ссылка
    ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.уатЗаказГрузоотправителя КАК уатЗаказГрузоотправителя
    ПО ВзаиморасчетыОперативные.Регистратор = уатЗаказГрузоотправителя.Ссылка
    И ВзаиморасчетыОперативные.Сделка = уатЗаказГрузоотправителя.Ссылка
ГДЕ
    ВзаиморасчетыОперативные.Регистратор ССЫЛКА Документ.уатОтклонениеГруза
    И ВзаиморасчетыОперативные.Период МЕЖДУ &От И &До
СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ВзаиморасчетыОперативные.Сделка.Номер,
    ВзаиморасчетыОперативные.Сделка,
    ВзаиморасчетыОперативные.Регистратор;

// Выполняем второй запрос, используя данные из временной таблицы
ВЫБРАТЬ
    КОЛИЧЕСТВО(ВТ_Данные.Сделка.Ссылка) КАК Поле1,
    ВТ_Данные.Сделка КАК Сделка
ПОМЕСТИТЬ ВТколичество
ИЗ
    ВТ_Данные КАК ВТ_Данные
СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ВТ_Данные.Сделка
ИМЕЮЩИЕ
    КОЛИЧЕСТВО(ВТ_Данные.Сделка.Ссылка) > 1;

// Выполняем третий запрос, используя данные из временной таблицы
ВЫБРАТЬ
    ВТ_Данные.Сделка КАК Сделка,
    ВТ_Данные.Регистратор КАК Регистратор
ИЗ
    ВТколичество КАК ВТколичество
    ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ ВТ_Данные КАК ВТ_Данные
    ПО (ВТ_Данные.Сделка = ВТколичество.Сделка)
УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    ВТ_Данные.Сделка.Дата,
    ВТ_Данные.Регистратор.Дата;

В этом примере данные из временной таблицы `ВТ_Данные` используются в последующих запросах, что позволяет работать только с результатами последнего запроса.