Чтобы захватить корень конфигурации 1С, когда конфигурация подключена к хранилищу конфигураций, выполните следующие шаги:

1. Откройте конфигуратор 1С, подключенный к вашей базе данных, которая уже связана с хранилищем конфигураций.
2. Перейдите в меню "Конфигурация".
3. Выберите пункт "Захватить в хранилище".
4. В открывшемся окне выберите корневой элемент конфигурации (обычно это "Конфигурация" или "Корень").
5. Убедитесь, что установлен флажок "Рекурсивно", чтобы захватить все изменения, включая подчиненные элементы.
6. Нажмите "ОК" для выполнения операции.

После этого все изменения, сделанные в конфигурации, будут захвачены в хранилище. Убедитесь, что у вас есть необходимые права доступа для выполнения этой операции.

Рекомендую посмотреть здесь: https://infostart.ru/1c/articles/63841/